Phải phân biệt xâm nhập mặn, việc tích tụ muối dễ dàng hòa tan và việc kiềm hóa, sự tích tụ của natri bicacbonat và cacbonat natri, đồng thời với việc tăng độ pH.[3] Một trường hợp đặc biệt của xâm nhập mặn là sự gia tăng lượng natri trong đó chủ yếu là natri clorua (muối ăn) tích tụ trên bề mặt.[1] Muối là một thành phần tự nhiên trong đất và nước. Các ion chịu trách nhiệm về nhiễm mặn là: Na +, K +, Ca2 +, Mg2 + và Cl -. Khi Na + (natri) chiếm ưu thế, đất trở nên giàu natri. Đất giàu natri gây một thách thức đặc biệt bởi vì nó làm hạn chế hoặc ngăn thấm nước và thoát nước.

Hơn nữa, nguồn gốc của muối tham dự vào quá trình này cũng quan trọng. Nó có thể có nguồn gốc từ bầu khí quyển của Trái đất.[1][3] Muối cũng có thể được vận chuyển lên các lớp đất phía trên khi nước ngầm dâng lên.[3] Trong trường hợp này nước ngầm đã bị xâm nhập mặn mà có thể xảy ra ví dụ như ở các vùng ven biển của khu ẩm, có thể do khai thác quá mức nguồn nước ngầm, vì vậy nước biển mới ngấm vào khối nước ngầm.[4] Sự phân huỷ các khoáng chất có thể để muối thoát ra môi trường và muối hóa thạch (trầm tích biển) có thể là một nguồn muối.[3] Ngoài các nguồn tự nhiên cũng có thể do các quá trình nhân tạo như thủy lợi và phân bón gây ra.[3] Quá trình canh tác nông nghiệp và sự lạm dụng giếng khoan cũng dẫn tới tình trạng này.

Sự xâm nhập mặn của nước biển vào sông là do mùa khô, nước sông cạn kiệt khiến nước biển theo các sông, kênh dẫn tràn vào gây mặn. Hiện tượng tự nhiên này xảy ra hằng năm và do đó có thể dự báo trước.[5]